Tuy nhiên, hiện nay, nhiều hồ sơ tài liệu liên quan đến công trình không được lưu trữ hoặc lưu trữ không đầy đủ, khó khăn cho công tác sửa chữa cũng như quản lý đảm bảo an toàn công trình. Tại nhiều địa phương, công tác kiểm định đập của hồ chứa, cắm mốc phạm vi hành lang đảm bảo vệ sinh công trình, xây dựng quy trình vận hành chưa đảm bảo. Theo đồng chí Nguyễn Hoàng Long, Phó phòng NN&PTNT huyện Kim Bôi: Trong 285 công trình thủy lợi do UBND huyện Kim Bôi quản lý, chỉ 74 công trình là có hồ sơ lưu trữ. 32 hồ chứa trong tổng số 86 công trình không có vùng tưới nước, không được cấp bù thủy lợi phí. Ngoài ra, một số công trình đã xuống cấp, hư hỏng nặng như hồ Nà Khuốc, hồ Đồi 1, xã Kim Bôi; hồ Bùi, xã Sào Báy... nhưng không có kinh phí duy tu bảo dưỡng, việc cắm mốc chỉ giới phạm vi bảo vệ công trình chưa được thực hiện nên có nguy có bị lấn trái phép. 

Đặc biệt, nhiều địa phương trong tỉnh vẫn chưa thành lập được các tổ chức thủy lợi cơ sở theo quy định, đồng thời bộ máy quản lý Nhà nước về thủy lợi cấp huyện, xã còn thiếu, chưa đáp ứng yêu cầu. Chia sẻ về vấn đề này, đồng chí Trần Mạnh Tân, Trưởng phòng NN&PTNT huyện Mai Châu cho biết: Đến thời điểm này, UBND huyện vẫn chưa thành lập các tổ chức thuỷ lợi cơ sở theo quy định. Tuy nhiên, huyện đã tiến hành tập huấn về quản lý, vận hành, khai thác công trình thuỷ lợi cho 35 cán bộ, công chức phụ trách thuỷ lợi các xã và các trưởng xóm trong huyện. Để quản lý vận hành các công trình thủy lợi trên địa bàn, huyện sẽ chỉ đạo quyết liệt việc thành lập các tổ thủy lợi cơ sở và đào tạo, hướng dẫn nâng cao năng lực vận hành các công trình thủy lợi. 

Để đảm bảo tưới tiêu, tỉnh đã đầu tư kiên cố hóa hơn 900 km kênh mương; sửa chữa, nâng cấp, xây mới hơn 200 hồ, đập, 500 bai dâng và 500 trạm bơm, trạm thủy luân; áp dụng công nghệ tưới tiêu tiên tiến, tiết kiệm nước cho khoảng hơn 900 ha. Ngoài công tác tu sửa thường xuyên, Sở NN&PTNT đã lồng ghép nguồn vốn nhiều công trình để nâng cấp, sửa chữa các hồ chứa góp phần đảm bảo an ninh nguồn nước và an toàn công trình thủy lợi. Cụ thể, thực hiện Dự án WB7, trong năm 2021 đã nâng cấp, sửa chữa 15 công trình tại các huyện: Lạc Sơn, Lương Sơn, Tân Lạc, Yên Thuỷ với tổng mức đầu tư hơn 108 tỷ đồng. Hiện, tỉnh đang thực hiện Dự án WB8 với 3 tiểu dự án nhỏ nâng cấp, sửa chữa 21 công trình thuỷ lợi, hồ chứa, tổng mức đầu tư hơn 422 tỷ đồng. 

Theo kế hoạch, năm 2023, tỉnh sẽ hoàn thành việc tích hợp các mục tiêu đảm bảo phương án phát triển mạng lưới thủy lợi, cấp nước vào quy hoạch tỉnh thời kỳ 2021 - 2030. Đến năm 2025, phấn đấu 95% hộ gia đình ở thành thị, 55% hộ gia đình ở nông thôn được sử dụng nước sạch theo quy chuẩn. Hoàn thành sửa chữa, nâng cấp các đập, hồ chứa nước hư hỏng, xuống cấp. 

Để thực hiện các mục tiêu đó, UBND tỉnh xác định, tiếp tục tăng cường và phát huy hiệu quả công tác tuyên truyền, giáo dục, nâng cao nhận thức của người dân về thực hiện quy định của pháp luật trong quản lý tài nguyên, bảo vệ môi trường, trong đó có bảo vệ nguồn nước. Triển khai xây dựng các cơ chế, chính sách phù hợp với tỉnh liên quan đến an ninh nguồn nước, an toàn đập đảm bảo tính động bộ, khả thi, nhất là đảm bảo an ninh nguồn nước hồ thuỷ điện Hoà Bình, hồ Đầm Bài và các hồ quy mô lớn. Nâng cao chất lượng công tác quy hoạch thuỷ lợi, tài nguyên nước và điều tra cơ bản, đánh giá trữ lượng nguồn nước. Thúc đẩy triển khai cơ cấu lại các ngành sản xuất sử dụng nhiều nước như: nông nghiệp, công nghiệp, dịch vụ tiết kiệm nước, tái sử dụng nước, theo dõi, giám sát chặt chẽ việc sử dụng nước. Đồng thời đổi mới, nâng cao hiệu quả hoạt động của các tổ chức khai thác công trình thuỷ lợi, tổ chức thủy lợi cơ sở, phát huy vai trò chủ thể của người dân trong công tác thủy lợi.