Theo báo cáo của Chính phủ gửi Quốc hội, từ năm 2020, Bộ Y tế đã hướng dẫn nguồn chi trả chi phí khám, chữa bệnh đối với người mắc COVID-19. Song trên thực tế, rất ít cơ sở khám, chữa bệnh thực hiện bóc tách chi phí khám, chữa bệnh của người mắc COVID-19 để đề nghị cơ quan Bảo hiểm xã hội thanh toán. Nguyên nhân là do cùng một xét nghiệm cận lâm sàng hoặc một loại thuốc có thể được sử dụng trong chẩn đoán và điều trị cho cả bệnh COVID-19 và các bệnh khác.

Tương tự, chi phí tiền giường bệnh rất khó tách bạch số ngày điều trị COVID, số ngày cho bệnh nền (quá trình điều trị các bệnh diễn ra đồng thời, đan xen). Trong khi đó, các hướng dẫn chẩn đoán và điều trị thường ghi chung chung tên các xét nghiệm hoặc các nhóm thuốc, Bộ Y tế cũng không có hướng dẫn các nguyên tắc thực hiện bóc tách chi phí. Vì vậy, cơ sở khám, chữa bệnh và cơ quan Bảo hiểm xã hội đều gặp khó khăn trong việc xác định nguồn chi trả đối với thuốc, vật tư y tế và các dịch vụ y tế sử dụng cho người bệnh COVID-19 mà có mắc các bệnh khác kèm theo cần phải được khám, chữa bệnh trong giai đoạn điều trị COVID-19 để thống nhất thực hiện thanh quyết toán.

Sau khi có Nghị quyết số 268/NQ-UBTVQH15 ngày 06/8/2021 của Ủy ban Thường vụ Quốc hội về việc cho phép Chính phủ ban hành nghị quyết có một số nội dung khác với quy định của Luật để đáp ứng yêu cầu phòng, chống dịch COVID-19, ngày 12/8/2021, Bảo hiểm xã hội Việt Nam đã ban hành Công văn số 2456/BHXH-GĐĐT hướng dẫn khai thác, liên thông dữ liệu phục vụ phòng, chống dịch COVID-19 và thanh toán bảo hiểm y tế.

Đồng thời, cung cấp cho Bảo hiểm xã hội các tỉnh các tài liệu hướng dẫn về mã hóa xét nghiệm, vật tư y tế chẩn đoán COVID-19, mã hóa khi cấp phát thuốc điều trị bệnh dài ngày; mã hóa các dịch vụ y tế được ngân sách Nhà nước chi trả dựa trên phác đồ điều trị người bệnh COVID-19 ban hành theo Quyết định số 3416/QĐ-BYT ngày 14/7/2021 của Bộ Y tế để cho cơ sở khám, chữa bệnh và Bảo hiểm xã hội địa phương tham khảo trong việc mã hóa dữ liệu, xác định nguồn chi trả và ghi thông tin để xác định nguồn chi trả đối với thuốc, vật tư y tế và các dịch vụ y tế sử dụng cho người bệnh.

Theo số liệu từ Hệ thống thông tin giám định Bảo hiểm xã hội Việt Nam, chi phí điều trị bệnh khác ở người bệnh COVID-19 năm 2021 đã được cơ sở khám, chữa bệnh đề nghị cơ quan Bảo hiểm xã hội thanh toán tăng lên hơn 25 lần so với năm 2020 và trong 9 tháng năm 2022 đã tăng hơn 5 lần so với năm 2021. Tuy nhiên, vì đây là nội dung do cơ quan Bảo hiểm xã hội hướng dẫn tạm thời nên trong quá trình giám định và thanh toán chi phí khám, chữa bệnh của người mắc COVID-19 có bệnh khác kèm theo vẫn có những nội dung cơ sở khám, chữa bệnh và cơ quan Bảo hiểm xã hội không thống nhất, đặc biệt trong thanh toán tiền giường bệnh.

Bộ trưởng Y tế Đào Hồng Lan cho biết, sau khi Nghị quyết số 12/2021/UBTVQH15 ngày 30/12/2021 của Ủy ban Thường vụ Quốc hội về việc cho phép thực hiện một số cơ chế, chính sách trong lĩnh vực y tế để phục vụ công tác phòng, chống dịch COVID-19 có hướng dẫn "Trường hợp cơ sở thu dung, điều trị COVID-19 không bóc tách được chi phí khám bệnh, chữa bệnh COVID-19 và các bệnh khác để thanh toán theo các nguồn hoặc không thu được các khoản chi phí mà người bệnh phải trả theo quy định do nguyên nhân bất khả kháng thì được ngân sách Nhà nước chi trả theo quy định của Chính phủ” thì vướng mắc nêu trên đã cơ bản được giải quyết.

Việc thanh toán chi phí khám bệnh, chữa bệnh cho bệnh nhân COVID-19 tại các cơ sở thu dung, điều trị do ngân sách Nhà nước bảo đảm theo chi phí thực tế; chi phí điều trị các bệnh khác trong quá trình điều trị COVID-19 thực hiện theo quy định của pháp luật về bảo hiểm y tế, khám bệnh, chữa bệnh. Trường hợp cơ sở thu dung, điều trị COVID-19 không bóc tách được chi phí khám bệnh, chữa bệnh COVID-19 và các bệnh khác để thanh toán theo các nguồn hoặc không thu được các khoản chi phí mà người bệnh phải trả theo quy định do nguyên nhân bất khả kháng thì được ngân sách Nhà nước chi trả theo quy định của Chính phủ tại Nghị định số 29/2022/NĐ-CP.

Theo báo cáo của 24 tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương (một số tỉnh, thành phố lớn như Hà Nội, Thành phố Hồ Chí Minh, Bình Dương, Đồng Nai… chưa báo cáo), số kinh phí thanh toán chi phí khám bệnh, chữa bệnh COVID-19 đến ngày 30/9/2022 là 1.006 tỷ đồng. Chi phí khám, chữa bệnh do quỹ bảo hiểm y tế chi trả đối với các bệnh kèm theo của người bệnh mắc COVID-19 là 5,43 tỷ đồng năm 2020; 136,3 tỷ đồng năm 2021 và khoảng 657,7 tỷ đồng trong 9 tháng năm 2022.

Chi phí thực hiện xét nghiệm SARS-CoV-2 ở người bệnh sau khi xét nghiệm được xác định không mắc COVID-19 đã được bảo hiểm thanh toán là 21,4 tỷ đồng năm 2020; 121,8 tỷ đồng năm 2021 và 21,4 tỷ đồng 9 tháng năm 2022. Chi phí này được chi căn cứ theo quy định của Luật Bảo hiểm y tế, Luật Phòng, chống bệnh truyền nhiễm và các văn bản hướng dẫn thực hiện. Theo đó, trường hợp người bệnh đến cơ sở y tế khám, chữa bệnh vì xuất hiện các triệu chứng nghi ngờ mắc COVID-19, được bác sỹ chỉ định xét nghiệm để chẩn đoán theo các quy định về chẩn đoán và điều trị bệnh COVID-19 của Bộ Y tế nhưng kết quả chẩn đoán xác định cuối cùng là không mắc COVID-19, quỹ bảo hiểm y tế sẽ thanh toán chi phí của các xét nghiệm phát hiện virus SARS-COV-2 nêu trên.